La obra recuperó y adaptó el edificio para su nuevo uso como Museo Diocesano, Archivo Municipal y Archivo Diocesano. Los trabajos, que afectaron a una superficie total de 4.786 m2, consistieron en el vaciado del interior y la posterior ejecución de muros, losas y cubiertas. Además, se remodeló el entorno con jardines y pavimentos. Como actuaciones de especial importancia cabe destacar: 

• La conservación y restauración de las fachadas, incluyendo las carpinterías y cerrajerías de las ventanas exteriores.
• La restauración de los artesonados de la planta primera y de los decorados existentes en la capilla actual. Fue especialmente destacable el sistema de elevación empleado en el artesonado de la Sala Principal.

El Jardín Arqueológico, un espacio con gran riqueza de restos, también se sometió a una rehabilitación en la que sobresalen estas operaciones: 

• Demolición de pavimentos, estructuras de madera, vidrio y maquinaria de aire acondicionado.
• Demolición de muros y rebaje de los muros de reciente construcción hasta la cota de proyecto.
• Colocación de adoquines.
• Plantación de árboles.